福建盛鑫招标代理有限公司受福建农林大学 委托，根据《中华人民共和国政府采购法》等有关规定，现对福建农林大学土壤样品宏基因组测序分析采购项目(网上竞价）进行其他招标，欢迎合格的供应商前来投标。

项目名称：福建农林大学土壤样品宏基因组测序分析采购项目(网上竞价）

项目编号：FJSXZB-WJ2024088-1

项目联系方式：

项目联系人：潘华明

项目联系电话：13950286270

采购单位联系方式：

采购单位：福建农林大学

采购单位地址：福建省福州市仓山区上下店路15号

采购单位联系方式：蔡老师0591-86398509

代理机构联系方式：

代理机构：福建盛鑫招标代理有限公司

代理机构联系人：潘华明13950286270

代理机构地址： 福州市鼓楼区鼓东街道湖东路79号外运大厦七层

一、采购项目内容

土壤样品宏基因组测序分析采购项目

二、开标时间：2024年11月20日 11:00

三、其它补充事宜

第二章 竞价采购说明一览表

 金额单位：人民币/元

注：

（1）以上项目所列价格为采购预算的最高限价,竞价人报价总价不能超过最高限价，报价单价不能超过竞价文件的单价最高限价，否则，视为无效报价。

（2）供应商必须保证所投产品具有在中国境内的合法使用权和用户保护权，有属于国家强制性要求（如3C等）的产品必须符合国家强制性认证规定。货物的制造标准及技术规范等有关资料必须符合国家相关标准、规范要求。

（3）根据财政部、国家发展改革委《关于印发节能产品政府采购品目清单的通知》（财库〔2019〕19号）的规定，台式计算机，便携式计算机，平板式微型计算机，激光打印机，针式打印机，液晶显示器，制冷压缩机，空调机组，专用制冷、空调设备，镇流器，空调机，电热水器，普通照明用双端荧光灯，电视设备，视频设备，便器，水嘴品目为政府强制采购的节能产品{具体品目以《节能产品政府采购品目清单》（财库〔2019〕19号）中★标注为准}。若竞价人所投产品属于政府强制节能产品的，在报价文件中须提供所投政府强制节能产品由国家确定的认证机构出具的、处于有效期之内的产品认证证书复印件，否则视为无效报价

（4）采购单位在提出采购需求时有指定品牌的，所报品牌需在采购单位选定的品牌范围内；

（5）若所投产品为进口设备，则成交供应商的报价为免税价＋外贸代理费用。成交供应商必须在签订合同后以福建农林大学为消费使用单位去办理免税和报关手续，成交供应商须提交消费使用单位为福建农林大学的《中华人民共和国进口货物报关单》和《中华人民共和国进出口货物免税证明》。若按国家政策无法办理免税的，向海关缴纳的关税和增值税等由成交供应商先行垫付，在设备报销时凭海关出具的发票，学校支付其垫付款给成交供应商。

（一）资格标准

1、有能力提供本竞价文件所述货物及服务的法人、其他组织或者自然人均可能成为合格的竞价人，并提供有效的营业执照复印件或其他相应的证明文件；

2、竞价人应满足《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定的条件，应提供以下证明材料或针对以下内容作出承诺（见附件：资格承诺函）：

A、须提供上一年年度经审计的财务报告或其基本开户银行出具的资信证明；

B、须提供报价截止时间前六个月内任一个月的缴税证明；

C、须提供报价截止时间前六个月内任一个月缴纳社会保险的证明材料；

3、参加政府采购活动前3年内在经营活动中没有重大违法记录及无行贿犯罪的书面声明；

4、具备履行合同所必需的设备和专业技术能力的声明函；

5、如由授权代表参与竞价，须提供法定代表人授权书。

6、竞价人须提供信用中国网站（www.creditchina.gov.cn）及中国政府采购网（www.ccgp.gov.cn）信用信息查询无严重违法失信行为信息记录的打印件（或截图）。

7、特定资格要求：无

8、本项目不接受联合体竞价，本项目不接受分包、转包。

9、竞价保证金凭证复印件。

注：竞价人必须同时满足以上所有的资格要求并提供资料，所有提供的相关资质证明文件应属法定有效期内的，若发生变更的，应按有关规定办理完变更手续后方可参加竞价，并以发证机关核准的变更为准，否则按无效文件处理。所有资格证明文件复印件应是清晰的并加盖竞价人公章。

依法免税或不需要缴纳社会保障资金的竞价人，应提供相应文件证明其依法免税或不需要缴纳社会保障资金，视同社会保障资金、税收缴纳证明材料提供完整。

（二）技术和服务要求

本项目不接受分包、转包，竞价人须独立完成480个土壤样本的宏基因组测序及分析服务要求。使用合适且公认的DNA提取试剂盒和处理方法提取土壤样本中的DNA，利用Illumina NovaSeq X Plus平台完成文库的测序，数据质量Q30＞90%，测序模式为PE150，总数据量不低于12G clean data。完成物种/基因/功能的注释分析、组成分析、比较分析、差异分析，针对筛选出来的差异物种/基因/功能进行关联与模型预测分析等，具有数据分析团队和服务器集群分析平台，拥有Illumina平台实验能力，独立完成宏基因组测序及数据分析工作，样本质检合格后，15天完成宏基因组学检测及分析工作。

1、样本运输要求：竞价人需安排专人到采购方处接收样本，并全程-80℃（干冰）冷链运输（需有温度实时监控设备以便实时监督及记录温度）粪便样本并确保样本安全。粪便样本运输存储由竞价人承担冷链运输服务，或者由竞价人委托有资质的冷链公司负责。所承担运输的冷链公司需具备生物制品、生物样本的道路运输服务的条件，具有质量管理体系认证证书、道路经营许可证，并补充相关的冷链运输资质证明、材料。

2、宏基因组DNA提取、质检及建库测序：提取粪便样本的DNA，通过凝胶电泳检测DNA完整性，提供DNA质检报告。将DNA进行片段化处理，基于DNA片段进行建库，使用高通量测序平台进行测序。

2.1、DNA提取要求：DNA提取需在具有ISO 9001质量管理体系认证（竞价人须提供本公司的ISO9001认证证书）实验室操作，使用合适且公认的DNA提取试剂盒和处理方法提取粪便样本中的DNA。

2.2、DNA质检要求：使用NanoDrop2000检测DNA纯度和浓度，使用Quantus Fluorometer(Picogreen)检测DNA浓度，DNA浓度在2ng/μL以上，总量在0.15μg以上，OD260/280应在1.7~2.1之间；通过凝胶电泳检测DNA片段完整性，有清晰的电泳条带，没有明显的降解。提供DNA质控报告，内容包括：DNA纯度、浓度、琼脂糖DNA凝胶电泳图谱，以及DNA质检结果评估A、B、C、D等级。合格的DNA（质检结果评估等级为A或B等级）继续进行宏基因组建库、测序；质检结果评估等级为C的DNA经沟通后进行风险建库，尽可能产出足够6G的数据量；质检结果评估等级为D的DNA不建议建库；不合格的DNA（质检结果评估等级为C和D）需重新进行DNA抽提，或重新送样后再进行抽提。

2.3、宏基因组建库、测序要求：DNA片段化处理，打断为约400bp左右的片段，基于打断的DNA片段进行建库，样本建库合格率需在90%以上。使用Illumina NovaSeq X Plus仪器（竞价人须提供本公司购买此仪器的合同或发票）进行PE150双端测序。

3、数据产出：每个检测样本的测序产出有效数据量不低于12G clean data，碱基类型分布均匀且无分离现象，测序Q30＞90%。若数据质量不合格，竞价人需免费补测或重测直至数据质量符合要求。

4、分析内容：具有数据分析团队和服务器集群分析平台，提供专属农学高级宏基因组云分析流程（竞价人须提供本公司云平台交互分析操作页面的相关截图），提供12个月内无限次的可在线自主设置参数进行动态交互分析的高级云分析流程，对数据进行标准分析和高级分析（至少60+项分析）；数据分析云平台满足随时调整分析的功能，具体包括：样本剔除、重新分组、分析参数和图片配色等。

4.1、标准分析（不包括云工具，竞价人须提供本公司云平台分析操作页面的完整截图，截图中需包含以下所有分析）：

（1）下机数据的质控：使用软件fastp（https://github.com/OpenGene/fastp，version0.20.0）对原始测序数据进行质控。

（2）拼接组装：通过相应的拼接软件，选择多重混合拼接组装策略，选择拼接效果最佳的序列。

（3）基因预测：使用MetaGene（http://metagene.cb.k.u-tokyo.ac.jp/）对拼接结果中的contigs进行ORF预测。

（4）非冗余基因集构建：使用CD-HIT（http://www.bioinformatics.org/cd-hit/，version4.6.1）对所有样品预测出来的基因序列进行聚类，每类取最长的基因作为代表序列，构建非冗余基因集。

（5）基因丰度计算：使用SOAPaligner软件，分别将每个样品的高质量reads与非冗余基因集进行比对（95% identity），统计基因在各个样本中的丰度信息，提供7种丰度计算方法（Reads Number、Reads Number_Relative、Reads Number/Gene Length、（Reads Number/Gene Length）_Relative、RPKM、TPM、PPM）。

（6）物种与功能注释：使用DIAMOND（https://github.com/bbuchfink/diamond）将非冗余基因集与7个常规注释数据库（NR、COG、KEGG、CAZy、ARDB、CARD、VFDB）进行比对，获得物种和功能的注释信息，通过计算得到物种丰度表和功能丰度表。

（7）Alpha多样性分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行Alpha多样性分析及Alpha多样性指数组间差异检验。

（8）物种与功能组成分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行物种与功能组成分析，包括：Venn图、群落柱形图、饼图、群落Heatmap图、Circos样本与物种（功能）关系图。

（9）物种/功能比较分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行物种/功能比较分析，包括：样本层级聚类分析（提供26种距离算法）、PCA分析、PCoA分析、NMDS分析、ANOSIM分析、PERMANOVA分析、分型分析。

（10）物种/功能差异分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行物种/功能差异分析，包括：多组/两组/两样本比较（单因素方差分析、Kruskal-Wallis秩和检验、Students T检验、Welchs T检验、Wilcoxon秩和检验、Wilcoxon符号秩检验、卡方检验、Fishers精确检验，共8种差异检验方法）、LEfSe分析。

（11）环境因子关联分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行环境因子关联分析，包括：VIF方差膨胀因子分析、RDA/CCA分析、db-RDA分析、相关性heatmap图、Mantel test分析、VPA方差分解分析、环境因子排序回归分析。

（12）关联与模型预测分析：基于物种丰度表和功能丰度表，进行关联与模型预测分析，包括：物种与功能贡献度分析、物种与功能回归分析、物种与功能分布网络分析、单因素相关性网络分析。

4.2、高级分析：提供8个个性化功能注释数据库（GO、PHI、MvirDB、TCDB、QS、Pfam、Probio益生菌、细胞色素P450）的注释数据，基于15个物种丰度表和功能丰度表，进行上述标准分析及以下高级分析（不包括云工具，竞价人须提供本公司云平台分析操作页面的完整截图，截图中需包含以下所有分析）：

（1）物种与功能差异分析，包括：iPath通路图分析、代谢通路图组间差异分析。

（2）环境因子关联分析，包括：VPA方差分解分析、环境因